在这个过程中，身为浙党的领袖，首辅沈一贯一直隐忍不发。待到京察结束，他才开始反击。由于这次京察杨时乔下手实在太重，不是东林党的官员要么考评等级低下影响日后仕途，要么就是被贬斥不用，所以万历也看不过去了。然后皇帝、首辅联手，近乎于全部推翻了此次京察的结果。杨时乔在朝中的威望受到了极大的打击。
本来事情到此为止，可以说是沈一贯精彩的政争操作。但是呢，沈首辅贪财的老毛病又犯了。在给三十三年的京察翻案的过程中，沈首辅收了太多的黑钱，以至于被人抓住了把柄。
于是，沈首辅从这一年元宵后大家正式上班开始，就一直不停的被弹劾。虽说万历皇帝一直觉得沈一贯这样有明确的爱好，身段柔软，又有极强政务处理能力的首辅很不错，一直想保他。但架不住言官们持续不断的弹劾——大明惯例，被弹劾的官员是要在家停职反省的。这首辅长时间没法上班，保下来有什么用呢？再说了，作为一国首辅，全体官员都喜欢你当然是要不得。但绝大部分官员都看你不爽，这也是要不得的。因此，渐渐的，万历的态度也发生了转变。
然后知情识趣的沈首辅敏锐的发现了皇帝情绪的变化，迅速的主动提交了辞呈，在皇帝象征性挽留两次后，沈一贯第三次上交了辞呈：到了这里就无法挽回了。
但是作为多年政敌，沈一贯在辞职的时候提了一个要求：我一个人辞不行的，沈鲤得跟我陪葬！
对于万历来说，现在内阁的三个阁老里，他最仰仗的是沈一贯。剩下的两位，朱赓是和事佬，沈鲤是强项令。所以，若是沈一贯走了，沈鲤当然也必须走：不然这个皇帝当起来就更难受了。于是，他对沈鲤做出了暗示：沈晶晶走了，你这位沈正气也走吧？
皇帝如此暗示，沈鲤这样的道学先生如何还肯再赖在内阁不走？至此，两沈同时致仕，已经是无可改变的定局。
作为太孙，朱由栋非常清楚：内阁阁老的人事变动他是绝对不能掺和的。什么给万历进言留下沈鲤之类的念头想都不要想。但是沈鲤的离开，却让他的红河庄在文臣方面失去了最可靠的保护。这个，就要费点脑筋了。
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